המקור היחיד הנמצא בדברי חז"ל אודות מספר המצוות וחלוקתן נמצא בדברי הגמרא במס' מכות דף כג עמוד ב " דרש רבי שמלאי: שש מאות ושלש עשרה מצות נאמרו לו למשה, שלש מאות וששים וחמש לאוין כמנין ימות החמה, ומאתים וארבעים ושמונה עשה כנגד איבריו של אדם. אמר רב המנונא: מאי קרא? תורה צוה לנו משה מורשה, תורה בגימטריא שית מאה וחד סרי הוי, (שש מאות ואחד עשרה ) אנכי ולא יהיה לך מפי הגבורה שמענום". מתברר מדברי רבי שמלאי שהחלוקה בתוך התרי"ג היא רמ"ח מצוות עשה ושס"ד מצוות לא תעשה ובעקבות דברי רבי שמלאי חבר הרמב"ם את ספר המצוות. אולם הרמב"ן ובעקבותיו רבי שמעון בן צמח דוראן בפירושו זהר הרקיע על אזהרותיו של רבי שלמה אבן גבירול העירו שאמנם " לא נמצא מחלוקת לא בתלמוד ולא במדרשות על ר' שמלאי כי אף על פי שהמדרש של תורה צוה לנו' איש אינו מוסכם מהכל, אבל המספר של ר' שמלאי הוא מוסכם מהכל. ואף על פי שלא מצאו בו סמך מהכתוב, נאמר כי כך היתה קבלה בידם שכן הוא מספר המצוות, ויש לנו לומר כן לפי שראינו שנתפשט בתלמוד ובמדרשות זה המספר".
החלוקה הפשוטה בין מצוות עשה למצוות לא תעשה לא התקבלה בתקופת הגאונים כמו רבנו סעדיה גאון ור' שמעון קיירא וגאונים נוספים ולדעתם החלוקה היא אחרת . הם טוענים שישנה עוד שתי קבוצות, עונשים ופרשיות. תרי"ג המצוות מתחלקת בצורה זו, מאתים מצוות עשה המוטלות על היחידים, ומאתים ושבעים ושבעה מצוות לא תעשה שהיחידים מוזהרים אליהם. ישנם שבעים ואחד עונשים בידי אדם או בידי שמים, וששים וחמש פרשיות, שהן מצוות המסורות לצבור ובית דין, ארבעים ושמונה מהן מצוות עשה ושבע עשרה מצוות ל"ת. גדול פרשני ספר המצוות של רבנו סעדיה גאון, הגאון רבי ירוחם פרלא זצ"ל במבוא שלו כותב שאמנם " בדברי רבותינו זכרונם לברכה בתלמוד ובמכילתא ובפסיקתא ובמדרשים לא מצינו שום חלוקה אחרת זולת החלוקה לעשין וללאוין, רמ"ח עשין ושס"ה לאוין. מכל מקום הגאונים ז"ל אשר ידוע שדבריהם דברי קבלה… נראין הדברים שבודאי היה להם מקור לזה בדברי רבותינו זכרונם לברכה באיזו ברייתא קדמונית אשר נעלמה מאתנו"
הרמב"ם בהקדמתו לספר המצוות בשורש י"ד אינו מקבל את ההנחה שבתוך תרי"ג המצוות, העונש על אחת ממצוות הלא תעשה יחשב כמצוה בפני עצמה. כך הוא לשונו של הרמב"ם שם " ותמה …כמו שימנה בעל הלכות גדולות המחלל את השבת בכלל מחוייבי סקילה ואחר כן ימנה לא תעשה כל מלאכה". טענתו של הרמב"ם היא שחילול שבת ועונשו הם שני צדדים של אותו מטבע ולא ניתנים לחלוקה ולכן הלאו של אי עשיית מלאכה בשבת כולל בקרבו גם את העונש. בנושא זה האריך הרמב"ן בהשגותיו על הרמב"ם שם וכן הפרשנים נוספים התייחסו למחלוקת הזאת.
ביחס לחלוקה השניה של הגאונים אודות הפרשיות המסורות לציבור, הרמב"ם וגם הרמב"ן התלבטו מהי הכוונה האמיתית של הגאונים, אך הדים לחלוקה זו נמצאים בספרים לאחר תקופת הגאונים ואף בדברי הרמב"ם. הראשון שהתייחס לחלוקה מעין זו הוא בעל חובות הלבבות רבנו בחיי ב"ר יוסף אבן פקודה שהיה מגדולי ישראל בספרד וחי בסרגוסה, בספרד המוסלמית סביב שנת (1060) וכתב בשער י פרק ז " לפי שמנו מצוות הבורא והגיע מספר כולם תרי"ג מצוות, מהן שס"ה מצוות לא תעשה והן האזהרות, ומהן מצוות שחייבין בהן הצבור ואין היחיד חייב בהן ס"ה מצוות". גם הרמב"ם הושפע במידה מסוימת מהגישה של הגאונים וסיים את החלק העוסק במצוות עשה " וכשתסתכל כל אלו המצות שקדם זכרם, הנה תמצא מהם מצות שהם חובה על הציבור, לא לכל איש ואיש, כגון בנין בית הבחירה והקמת מלך והכרתת זרעו של עמלק, ומהם מצות שהם חובה לאיש מיוחד".
המשמעות לחלוקה זו היא שגם נשים תהיינה חייבות במצוות שהן מוטלות על הציבור כי הפטור של מצוות עשה שהזמן גרמא חל רק על המצוות המוטלות על היחיד. לכן פסק הרמב"ם שביחס למצוות בנין בית המקדש הנלמד מהפסוק בפרשתנו " ועשו לי מקדש" הוא כתב בהלכות בית הבחירה פרק א ה הלכה יב " והכל חייבין לבנות ולסעד בעצמן ובממונם אנשים ונשים כמקדש המדבר". אמנם בהתחלת הלכה זו כתב הרמב"ם " אין בונין את המקדש בלילה שנאמר וביום הקים את המשכן ביום מקימין לא בלילה," והקשו האחרונים שאם כן הוי מצות עשה שהזמן גרמא (שואל ומשיב מהדו"ת חלק ג סימן פט ועוד) והתשובה היא כדברנו הנ"ל שמצוות המסורות לציבור הן שונות ואינן נכנסות לקטגוריה של מצוות עשה שהזמן גרמא.
מאותה סברא שרבנו סעדיה גאון הכניס למנין הפרשיות שלו את מצות "ועשו לי מקדש" (פרשה נא), כך הוא הכניס למנין הפרשיות שלו גם מצוות הקהל (פרשה י). על אף שמצוות הקהל היא מצוות עשה שהזמן גרמא כי היא רק נוהגת בסוכות שלאחר שנת השמיטה, בכל אופן חייבה התורה את הנשים במצוה זו ככתוב בדברים (פרק לא פסוק יב) "הקהל את העם, האנשים והנשים והטף". כך היא גם משמעות לשון הרמב"ם בהלכות חגיגה פרק ג הלכה א " מצות עשה להקהיל כל ישראל אנשים ונשים וטף בכל מוצאי שמיטה" וכבר הרחיב על כך הרה"ג יעקב אריאל שליט"א באהלה של תורה חלק ג סימן סא.
ע"פ הדברים אלו נראה לנו להוסיף ולומר שכל מצוה המוטלת על הציבור ישנה חובה לנשים להשתתף במצוה זו. הסברא הפשוטה אומרת שכמו שנשים היו חייבות להשתתף בבנין המשכן על אף שלא עבדו במשכן בפועל, כך עליהן מוטלת החובה שיתקיים במקומן בית הכנסת. הלכה זו שיש חובה על הציבור לדאוג שיבנה בית כנסת בכל מקום נמצא בדברי הרמב"ם (הלכות תפילה פרק ט הלכה א) " כל מקום שיש בו עשרה מישראל צריך להכין לו בית שיכנסו בו לתפלה בכל עת תפלה ומקום זה נקרא בית הכנסת". המקור להלכה זו נמצא בדברי הגמרא במסכת סנהדרין דף יז עמוד ב " כל עיר שאין בה עשרה דברים הללו אין תלמיד חכם רשאי לדור בתוכה: בית דין מכין ועונשין, וקופה של צדקה נגבית בשנים ומתחלקת בשלשה, ובית הכנסת, ובית המרחץ, ובית הכסא, רופא, ואומן, ולבלר, (וטבח), ומלמד תינוקות". הרמב"ם בהלכות תלמוד תורה פרק ב הלכה א כותב " וכל עיר שאין בה תינוקות של בית רבן מחרימין את אנשי העיר עד שמושיבין מלמדי תינוקות". מסתבר שיש גם לאשה החובה לדאוג שכל המוסדות המנוים בגמ' שם יתקיימו במקומות שלהן כמו תלמוד תורה, כי הן חובות הציבור, על אף שחלק מהן הן אינן מחויבות להשתתף בפועל. עליהן גם תהיה מוטלת החובה, למשל, שתהיה קופה ציבורית של צדקה במקומם. מכאן יש מקום לדון על מקומם של נשים במרחב הציבורי הדתי.
תובנה זו מקורה בדברי הרמב"ם שהטיל חובה על הנשים " לבנות ולסעד בעצמן ובממונם" את המשכן שהוא כבית המקדש והתקיים במדבר ארבעים שנה ובארץ ישראל כארבע מאות שנה.