יעדי החזון מושגים דרך הלימוד האינטנסיבי והמעמיק ואורח החיים הרוחני – קיומי הבא לידי ביטוי בחיי היומיום הכוללים תפילה, חגים ושבתות בבית המדרש.
ההתפתחות הלימודית בבית המדרש נעשית בלימוד עצמי ובלימוד בחברותא על ידי רכישת כלים ומיומנויות למידה במקצועות התורה השונים, מתוך מפגש ישיר עם הספרים והמקורות. במקביל ללימוד העצמי מתקיימת מערכת ענפה של שיעורים בנושאים מגוונים הניתנים על ידי רבנים ומורים מובילים בתחומם.
הגדילה הרוחנית בבית המדרש מתקיימת מתוך דרישה אישית וקהילתית להשקעה בתפילה, בקיום מצוות, במידות ובשמירת הלכה.
תוכנית הלימודים כוללת גמרא, תנ"ך הלכה ומחשבת ישראל, זאת לצד מערכת החינוך החברתי המשלימה, הכוללת שבתות, טיולים, ימי עיון, חגים ואירועים הנחגגים במשותף, בתוך קהילת בית המדרש. האווירה המיוחדת הנוצרת סביב שבתות וחגים בבית המדרש וכוללת שיחות, תפילות ושירה משותפת, מאפשרת מרחב שמתוכו ניתן לגדול ולהתפתח בתחומים שבין האדם למקום ובין האדם לחברו.
תקוותנו היא כי מתוך הלימוד הרציני והמעמיק, הכנות והנכונות הרוחנית להיכנס לתוך עולם שבמרכזו נמצאת עבודת ה', תהיה שנת בית המדרש משמעותית ומעצבת, ותהווה מנוף לחיי תורה ונתינה לעם ישראל.
לימודי בית המדרש הינם לשמה ולכתחילה לא ניתנת עליהם הכרה כלשהיא. במוסדות חינוך רבים (אונ' בר אילן ומכללות למיניהם) ניתנת לעיתים הכרה רטרואקטיבית על בסיס אישי הכרה תמורת אישור לימודים וחלק מהשיעורים מוכרים כשיעורים אקדמיים.